オリゴヌクレオチド標識抗体TotalSeq™-Dを用いて単一細胞における遺伝子解析とタンパク質の検出を組み合わせることで、遺伝子型から表現型までの複雑な問題を明らかにしましょう。1細胞シーケンシングは、従来のバルクシーケンシングでは難しかった点、例えば、感度を高めて不均一なサンプル中の異なる遺伝子型を分析することが可能です。これは、がんなどの複雑な疾患を理解するために重要です。タンパク質発現の検出を加えることで、さらに多くの情報を取得でき、次のようなことが可能となります。

 

  • 免疫表現型を同時に解析することで、遺伝子型の変異が特定の細胞の種類や状態に関連しているかどうかを調べることができます
  • 新規のターゲット発見にも活用できます
  • 一塩基変異(SNV)や挿入・欠失変異(Indel)、コピー数変異(CNV)とタンパク質を同時に検出することで、遺伝子型と表現型を関連付けることができます

 

Mission Bio社のTapestriプラットフォームにBioLegendのTotalSeq™-D抗体を組み合わせて、不均一なサンプルにおける遺伝子変異を明らかにし、その変異とタンパク質発現の関連を調べましょう。

DNAとタンパク質解析のための単一細胞プロテオゲノミクス

 

抗体による染色は、既存のMission Bio社のワークフローに円滑に組み入れることができます。

 

サンプルをTotalSeq™-D抗体と反応させる

細胞を溶解し、DNAをクロマチンから遊離させる

細胞バーコードを付加する

ターゲットを増幅し、ライブラリーを作製する

シーケンシングを行い、解析する

 

 

TotalSeq™-D製品について詳しく見てみましょう

 

TotalSeq™-D抗体は、Mission Bio社のTapestriプラットフォームに使用できるよう設計されています。それぞれの抗体は、捕捉配列、クローン特異的な抗体バーコード配列、PCRハンドルを含むオリゴヌクレオチドが標識されています。PCRハンドルはMission Bio社の細胞バーコードおよびプライマーと組み合わせて使用されます。TotalSeq™-D製品はイルミナ社のシーケンシングプラットフォームに対応しています。
 

BioLegendでは個別のTotalSeq™-D抗体とTotalSeq™-D Human Heme Oncology Cocktail v1.0をご用意しています。Heme Oncology Cocktailは42種類の一次抗体と3種類のアイソタイプコントロールから構成されています。それぞれの抗体は最適な性能を発揮できるよう事前にタイトレーション済みで、抗体カクテルは便利な使い捨てチューブ入りです。

 

このカクテルで検出できるターゲット

 

CD1c

CD10

CD22

CD45

CD64

CD138

CD2

CD11b

CD25

CD45RA

CD69

CD141

CD3

CD11c

CD30

CD45RO

CD71

CD163

CD4

CD13

CD33

CD49d

CD83

CD303

CD5

CD14

CD34

CD56

CD90

CD304

CD7

CD16

CD38

CD62L

CD117

FcεRIα

CD8

CD19

CD44

CD62P

CD123

HLA-DR

抗体クローンとバーコードのリストをダウンロード

 

使用例

 

AMLサンプルにおける遺伝子変異とタンパク質発現の関連性を明らかにするために、BioLegendの抗体がMision Bio社のTapestriプラットフォームでどのように使用されたのか、アプリケーションノートを見てみましょう。

 

 

 

 

TotalSeq™️-D antibodies and Mission Bio's Tapestri platform

2名のドナー由来のPBMCを混合し、TotalSeq™-D抗体と反応させた後、Mission Bio社のTapestriプラットフォームで処理しました。ヒートマップで視覚化することにより、何千もの細胞にわたって同一細胞から遺伝子型とタンパク質発現のデータを同時に取得できることが分かります。

 

 

ヒトPBMCをTotalSeq™-D Heme Oncology Cocktail v1.0と反応させ、Mission Bio社のTapestri DNA and Protein workflowを用いて処理しました。タンパク質のカウントデータを変換し、タンパク質の発現レベルを重ね合わせてUMAPで視覚化しました。クラスターはタンパク質発現のみに基づいて識別しました。

 


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